Solución:
Ahora está disponible una opción no root. La aplicación HeadsOff puede desactivar todas las notificaciones de Lollipop Heads-up en su teléfono. También puede deshabilitar las notificaciones de Heads-up solo para aplicaciones seleccionadas. Si compra la clave Pro, puede restaurar el texto del ticker en la barra de estado para ver una pequeña vista previa de la notificación.
En Cyanogenmod 12.1+ (incluido CM13) hay una opción predeterminada para habilitar o deshabilitar las notificaciones de heads-up. Solo ve a Settings -> Notifications -> Heads up Allí puede habilitar o deshabilitar las notificaciones de avisos.
Otra posibilidad es usar adb:
adb shell settings put global heads_up_notifications_enabled 0
(Fuente)
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