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Solución:
En mi opinión, usar EXCEPT es el camino a seguir aquí, pero es posible que desee reconsiderar el uso de la tabla temporal. Al hacerlo, está duplicando efectivamente sus datos en la memoria, lo que lo ralentizará. Si los índices que necesita existen en las tablas de origen (como sospecho), simplemente compare las SELECCIONES apropiadas:
SELECT StoreKey,ProductKey FROM table WHERE sales BETWEEN date1 AND date2
EXCEPT
SELECT StoreKey,ProductKey FROM table WHERE sales BETWEEN date3 AND date4
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