Solución:
Sí, puede especificar la ubicación de los cuadernos en la configuración de su perfil. Dado que no los está guardando en el directorio donde inició el cuaderno, supongo que tiene esta opción configurada en su perfil. Puede averiguar la ruta al directorio de perfiles utilizando:
$ ipython locate
Ya sea en su perfil predeterminado o en el perfil que usa, edite el ipython_notebook_config.py archivar y cambiar las líneas:
Nota: En caso de que no tenga un perfil, o la carpeta del perfil no contenga el ipython_notebook_config.py archivo, uso ipython profile create.
# The directory to use for notebooks.
c.NotebookManager.notebook_dir = u'/path/to/your/notebooks'
y
# The directory to use for notebooks.
c.FileNotebookManager.notebook_dir = u'/path/to/your/notebooks'
O simplemente coméntelos si desea que los cuadernos se guarden en el directorio actual.
Actualización (11 de abril de 2014): en IPython 2.0, el nombre de la propiedad en el archivo de configuración cambió, por lo que ahora es:
c.NotebookApp.notebook_dir = u'/path/to/your/notebooks'
Si está utilizando IPython 4.x / Jupyter, ejecute
$ jupyter notebook --generate-config
Esto creará un archivo jupyter_notebook_config.py en ~/.jupyter. Este archivo ya tiene una línea que comienza con # c.NotebookApp.notebook_dir=u''.
Todo lo que necesita hacer es descomentar esta línea y cambiar el valor a la ubicación deseada, por ejemplo, c.NotebookApp.notebook_dir=u'/home/alice/my_ipython_notebooks'
Para agregar a la respuesta de Victor, pude cambiar el directorio de guardado en Windows usando …
c.NotebookApp.notebook_dir="C:\Users\User\Folder"