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Solución:
Dado que esto es bastante antiguo y aún no tiene una respuesta adecuada, la propiedad correcta para establecer es la siguiente:
spring.jpa.properties.hibernate.default_schema=yourschema
Puede intentar configurar el esquema predeterminado para el usuario jdbc.
1) ALTER USER nombre_usuario SET search_path a ‘esquema’
2) ¿Probaste esta propiedad? spring.datasource.schema
http://docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/html/howto-database-initialization.html
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