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Solución:
Hay muchos, muchos algoritmos y piezas de software para hacer esto. Además de Molecular Dynamics, también existen métodos basados en simulaciones estadísticas en Quantum Monte Carlo y la teoría funcional de la densidad implementada en programas como Quantum Espresso. Es un ejercicio simple y que vale la pena programar estas cosas usted mismo: si desea estudiar el comportamiento oscilatorio de una molécula sujeta a algún potencial externo arbitrario, puede hacerlo fácilmente utilizando herramientas básicas de programación y visualización, siempre que establezca las funciones adecuadas y ecuaciones para describir su sistema.
Señalaré que todos estos algoritmos tienen rangos explícitos de validez y suposiciones subyacentes, y uno debe comprender muy cuidadosamente las limitaciones antes de interpretar los resultados. En muchos casos, la exactitud y precisión de los algoritmos será cuestionable, porque se deben hacer suposiciones en algún nivel para reducir el tamaño del sistema, ya que ni siquiera la supercomputadora más poderosa puede manejar un cálculo con algo que se acerque a un número macroscópico de partículas. Sin embargo, pueden proporcionar una idea del punto de partida y pueden dar una idea de las tendencias.
Editar para agregar: ver una lista gigante de aplicaciones de software para química cuántica