Solución:
Si necesita hacer esto dinámicamente a través de API, puede usar el método channels.list para enumerar todos los canales en su equipo y el método channels.history para recuperar el historial de cada canal. Tenga en cuenta que esto no incluirá DM ni grupos privados.
Si necesita hacer esto solo una vez, vaya a https://my.slack.com/services/export para exportar los archivos de mensajes de su equipo como una serie de archivos JSON
Este script de Python exporta todo a JSON con una simple ejecución: https://gist.github.com/Chandler/fb7a070f52883849de35
Crea los directorios por usted y tiene la opción de excluir mensajes directos o canales.
Todo lo que necesita instalar es el módulo slacker, que es simplemente pip install slacker. Entonces ejecútalo con --token='secret-token'. Necesita un token heredado, que está disponible aquí en este momento.
Para cualquiera que busque descargas del historial de mensajes directos, esta herramienta de cli basada en nodos le permite descargar mensajes de mensajes directos e instantáneos en JSON y CSV. Lo he usado y funciona muy bien.