Solución:
Desde la página del manual de rsync:
Para otorgar a los archivos nuevos los permisos predeterminados de destino (sin modificar los archivos existentes), asegúrese de que la opción –perms esté desactivada y use –chmod = ugo = rwX (que garantiza que todos los bits no enmascarados se habiliten).
Entonces…
rsync --copy-links --recursive --times --group --no-perms --chmod=ugo=rwX afile afile2
… debería hacer el truco con los archivos de ejemplo que mostró.
Si los archivos de origen tienen permisos de, digamos 777 …
rsync --copy-links --recursive --times --group --no-perms --chmod=ugo=rw,-X afile afile2
… eliminará la bandera ejecutable.
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