Solución:
El cliente de sincronización de OneDrive ahora admite la sincronización de carpetas que contienen el carácter de punto dentro de ellas ‘.’ esto debería permitirle comenzar a sincronizar esos repositorios git automáticamente siempre que estén dentro de su carpeta OneDrive.
Obtenga la última versión del cliente OneDrive y estará listo.
OneDrive no admite (¡todavía!) La sincronización de archivos que comienzan con puntos, como la carpeta .git donde se guardan los metadatos de git.
Debido a esto, no está viendo la sincronización de esos elementos en OneDrive.
(Este es solo el caso con la versión anterior del cliente OneDrive, he creado una nueva respuesta que refleja las capacidades de las versiones actuales 8/2015)
A partir del 27/6/2017, versión 2016 (compilación 17.3.6917.0607)
OneDrive para empresas admitirá la sincronización de dotfiles (y dotdirectories) Sin embargo, OneDrive es una MUY mala solución a menos que agregue ganchos de confirmación para excluir archivos: https://support.microsoft.com/en-us/help/3125202/restrictions-and- limitaciones-al-sincronizar-archivos-y-carpetas
Además, no sé cómo se comportarían las cosas en condiciones de carrera. Si hay más de un confirmador (incluido material automatizado), es posible que no sea seguro.