Solución:
Markdown acepta HTML sin procesar y lo pasa inalterado, así que defina sus elementos “estilizados” como HTML:
<h2 style="color: red;">Header 1</h2>
Por supuesto, algunas herramientas en realidad no permiten que se pase el HTML sin procesar (por razones de seguridad o porque el resultado final no es HTML), por lo que su millaje puede variar.
Dependiendo de la implementación de Markdown que esté utilizando, es posible que pueda definir estilos en la lista de atributos (si admite claves arbitrarias):
## Header 1 {style="color: red;"}
Sin embargo, eso es lo menos probable que funcione.
Y recuerda, HTML <style> las etiquetas no necesitan estar en el documento <head> trabajar. Si puede utilizar HTML sin formato, puede incluir un <style> elemento en el cuerpo de su documento (como lo señaló @ user5219763 en un comentario):
---
title: "test"
output:
html_document
---
<style>
#header1 {
color: red;
}
</style>
## Header 1 {#header1}
But how to change style with internal css?