Solución:
Solución 1:
Triptófano
Por ejemplo, ¿hay alguna razón por la que se eligió ‘W’ específicamente para el triptófano (aparte del hecho de que se tomó ‘T’)?
Una vez que haya asignado los otros 19 aminoácidos, solo quedan 7 letras del alfabeto: B, J, O, U, W, X y Z. (Ciertamente no ¡una buena mano de Scrabble para tener!)
Si uno quiere usar una letra que se encuentra dentro del nombre del aminoácido, la única letra disponible sería O. Sin embargo, históricamente se desaconsejó el uso de U y O porque estas letras podrían confundirse fácilmente con otras letras (U con V; O con G, Q, C, D y el número 0).
Resulta que la elección se hizo porque W es una letra muy gruesa y recuerda al sistema de anillo indol presente en el triptófano (el único aminoácido que contiene un sistema bicíclico). (Consulte la fuente a continuación).
Entonces, ¿qué pasó con las otras seis letras?
Las 26 letras del alfabeto ahora encuentran uso como un código de una letra para aminoácidos o varias combinaciones de los mismos.
Después de sus descubrimientos, a la selenocisteína y la pirrolisina (esta última solo se encuentra en bacterias) se les asignó U y O respectivamente. Además, B se usa para representar ácido aspártico O asparagina; J se usa para representar leucina O isoleucina; Z se usa para representar ácido glutámico O glutamina; y X se usa para representar un aminoácido desconocido.
Creo que B y Z son útiles porque, en la secuenciación de proteínas, la hidrólisis ácida se usa a menudo para romper enlaces peptídicos. Esto tiene el efecto secundario indeseable de hidrolizar los grupos amida en asparagina / glutamina, lo que lleva a la formación de ácidos aspártico / glutámico, lo que significa que no se puede decir exactamente qué aminoácido era al principio. J se utiliza en espectroscopia de RMN donde la isoleucina y la leucina son difíciles de distinguir.
¿Por qué eligieron las letras que eligieron?
Hasta donde yo sé, el uso de símbolos de una letra es adoptado tanto por IUPAC como por IUB (desde 1991, IUBMB) en sus recomendaciones conjuntas de 1983 sobre “Nomenclatura y simbolismo para aminoácidos y péptidos”.1 El resumen conciso de ankit7540 del desarrollo histórico ya menciona estas recomendaciones.
En particular, la Sección 3AA-21.2 “Los símbolos de código” tiene una descripción de por qué se eligieron las letras. Este documento es probablemente la postura más autorizada al respecto. La razón fundamental está en línea con la respuesta de Jan:
Se eligieron las letras iniciales de los nombres de los aminoácidos donde no había ambigüedad. Hay seis de estos casos: cisteína, histidina. isoleucina, metionina, serina y valina. Todos los demás aminoácidos comparten las letras iniciales A, G, L, P o T, por lo que se hicieron asignaciones arbitrarias. Estas letras se asignaron a los aminoácidos más frecuentes y estructuralmente más simples con estas iniciales, alanina (A), glicina (G), leucina (L), prolina (P) y treonina (T).
Se realizaron otras asignaciones sobre la base de asociaciones que podrían ser útiles para recordar el código, por ejemplo, las asociaciones fonéticas de F para fenilalanina y R para arginina. En el caso del triptófano, el doble anillo de la molécula está asociado con la voluminosa letra W. Las letras N y Q se asignaron a la asparagina y la glutamina respectivamente; D y E a los ácidos aspártico y glutámico, respectivamente. Se eligieron K e Y para los dos aminoácidos restantes, lisina y tirosina, porque, de las pocas letras restantes, estaban cerca alfabéticamente de las letras iniciales de los nombres. Se evitaron U y O porque U se confunde fácilmente con V en material escrito a mano y O con G, Q, C y D en impresiones de computadora imperfectas, y también con cero. J se evitó porque está ausente en varios idiomas.
A menudo se necesitan otros dos símbolos para secuencias determinadas parcialmente, por lo que se asignó B al ácido aspártico o asparagina cuando no se han distinguido; Z se asignó de manera similar al ácido glutámico o la glutamina. X significa que la identidad de un aminoácido no está determinada o que el aminoácido es atípico.
Solo se puede plantear la hipótesis de lo que querían decir con “asociaciones que podrían ser útiles para recordar el código” en el caso de N / Q / D / E. Mi mejor suposición es:
- D y E posiblemente se eligieron para los ácidos aspártico y glutámico porque eran el único par consecutivo de letras que quedaba, lo que enfatiza su similitud química. El ácido aspártico es más corto que el ácido glutámico por un grupo metileno (CH2), por lo que obtiene la letra anterior D.
- La glutamina suena como Q-tamina. Si no cree que suene similar, repítalo 50 veces hasta que lo haga.
- A AsparagiNe se le asignó N.
Referencia
- Comisión Conjunta IUPAC-IUB sobre Nomenclatura Bioquímica. Nomenclatura y simbolismo de aminoácidos y péptidos: recomendaciones 1983. FEBS J.1984,138 (1), 9–37. DOI: 10.1111 / j.1432-1033.1984.tb07877.x. En esta dirección se puede encontrar una versión HTML (quizás más fácil de usar).
Solucion 2:
Algunos códigos de una sola letra que no son la letra inicial del aminoácido en realidad tienen sentido cuando se ven desde ciertos ángulos. Aquí está la lista que comienza con lo obvio:
- G – glicina
- A – Alanina
- V – Valina
- L – Leucina
- I – isoleucina
- P – Prolina
- S – Serina
- T – treonina
- C – Cisteína
- H – Histidina
- M – metionina
Algunos aminoácidos tienen una letra que alude a cómo es el nombre hablado en lugar de escrito:
- F – Fenilalanina (comienza con / f /)
- R – Arginina (la primera sílaba podría ser están o la pronunciación de la letra R)
- N – Espárragosnortemi[1]
Un aminoácido está etiquetado por su segunda letra (dos si cuenta la arginina arriba):
- Y – tirosina
Algunos fueron etiquetados con letras cercanas a su letra inicial porque se toma la letra inicial real:
- K – Lisina (L ya es leucina)
- E – Glutamato (se tomaron F y G; pero también H e I. E es al menos una letra del nombre)
- D – Aspartato (Básicamente una versión abreviada de E, glutamato)
Lo que nos deja con triptófano y glutamina. La glutamina es otra muy elástica:
- P – Glutamina (se tomaron C y G, pero Q es redonda a la izquierda como una G. ¿Totalmente obvio?)
Y finalmente, para el triptófano, decidieron tomar la forma real de la molécula. ¿No lo ves? Aquí está:
- W – Triptófano
En realidad, tal vez sea una mera coincidencia, ya que lanzaron una moneda con las letras restantes; tanto para la glutamina como para el triptófano. Pero me gusta esta explicación.
Solución 3:
Consulte la Comisión de Nomenclatura Bioquímica de la IUPAC-IUB Una notación de una letra para las secuencias de aminoácidos La revista de química biológica Vol. 243, núm. 13, págs. 3557-3559, 10 de julio de 1968.:
La posibilidad de utilizar símbolos de una letra fue mencionada por Gamow e Ycas (2) en 1958. La idea fue sistematizada por Šorm et al. (3) en 1961. Fue utilizado por este grupo (4-10) y también por Fitch (11) en varios trabajos sobre la estructura de las proteínas. En extensas compilaciones de estructuras de proteínas, Eck y Dayhoff (véanse las referencias 12 a 14) utilizaron sistemáticamente símbolos de una letra derivados en parte del código de Šorm y Keil. Wiswesser (15) y Braunstein hicieron propuestas independientes.
…
3.2 Se utilizan letras iniciales cuando no hay ambigüedad. Hay seis de estos casos: cisteína, histidina, isoleucina, metionina, serina y valina. Todos los demás aminoácidos comparten las letras iniciales A, G, L, P o T; por lo tanto, la asignación de ellos debe ser algo arbitraria. Estas letras se asignan a los aminoácidos estructuralmente más simples y que ocurren con más frecuencia. Sobre esta base, las letras A, G, L, P y T se asignan a alanina, glicina, leucina, prolina y treonina, respectivamente.
3.3 La asignación de las otras abreviaturas es más arbitraria. Sin embargo, algunas pistas son útiles. Dos son fonéticamente sugerentes, F para fenilalanina y R para arginina. En el caso del triptófano, el doble anillo de la molécula está asociado con la voluminosa letra W. Las letras N y Q se asignan a la asparagina y la glutamina, respectivamente; D y E se asignan al ácido aspártico y al ácido glutámico, respectivamente. Esto deja lisina y tirosina, a las que se asignan K e Y. Estos se eligen en lugar de cualquiera de las pocas otras letras restantes porque están alfabéticamente más cercanas a las letras iniciales L y T. Se evitan U y O porque U se confunde fácilmente con V en un trabajo escrito a mano y O se confunde con G, Q, C, y D en impresiones de computadora imperfectas y también con cero. J se evita por razones lingüísticas.
3.4 Se necesitan otras dos abreviaturas para evitar ambigüedades. B se asigna al ácido aspártico o asparagina cuando no se ha determinado esta distinción. Se asigna Z cuando no se han distinguido el ácido glutámico y la glutamina. X significa que la identidad de un aminoácido no está determinada o que el aminoácido es atípico.
Solución 4:
La designación de tres letras vino antes del código de una sola letra. Los códigos de tres letras fueron en sí mismos varios refinamientos y revisiones finalmente aceptadas por la IUPAC y la Unión Internacional de Bioquímica bajo el liderazgo de HBF Dixon. Posteriormente se propusieron códigos de una sola letra. (al parecer, porque eran tediosos de escribir). Esta propuesta provino de bioquímicos checos. (consultar historial de nomenclatura de aminoácidos)
Posteriormente, los códigos de una sola letra se recomendaron y aceptaron en 1994 (en una reunión similar de la IUPAC y la IUB). La recomendación se puede encontrar aquí Recomendación de nomenclatura de aminoácidos, también disponible aquí NCBI. Tras la aceptación de esta nueva nomenclatura, varias publicaciones importantes publicaron las nuevas directrices.
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