este problema se puede tratar de variadas maneras, pero nosotros te enseñamos la respuesta más completa en nuestra opinión.
Solución:
Solución 1:
Dos sugerencias: MolCalc: Calcular propiedades > Polaridad y Solvatación le brinda un gráfico de superficie 3D con el potencial electrostático superpuesto.
Otra sugerencia es Avogadro/GAMESS/MacMolPlt. Ver por ejemplo aquí
Solución 2:
Necesita (algunos) conocimientos previos y las herramientas para
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genere un archivo de entrada con las coordenadas de su molécula y ordene qué cálculos realizar
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ejecutar el cálculo
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postprocesar los resultados
¡Todas las herramientas están disponibles! A menos que tenga acceso a las suites disponibles comercialmente a través de su institución, le sugiero que use las que son gratuitas (como cerveza gratis). y libertad de expresión). En realidad, ¡algunas de estas herramientas gratuitas son una buena opción en cualquier caso!
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Los archivos de entrada se pueden generar con Avogadro, Molden, Gabedit o wxmacmolplt
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Puede realizar sus cálculos usando NWChem, MPQC (ambos están en los repositorios de todas las distribuciones recientes de Linux) o GAMESS-US, que se pueden descargar después de registrarse. Además, están pyscf y PyQuante, que mencionó en su pregunta.
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La mayoría de las herramientas utilizadas para generar los archivos de entrada también se pueden utilizar para el posprocesamiento.
Para citar el eslogan de una empresa de calzado:
¡Solo hazlo!
Solución 3:
En pyscf, ejecutamos molden.py de forma rutinaria para generar un archivo molden y trazar la superficie orbital con Jmol. No debería ser demasiado difícil escribir un guión pequeño para generar densidad u otra superficie de carga y luego trazar la superficie con Jmol. Las funciones básicas que probablemente necesite deberían estar muy cerca de las funciones utilizadas por el módulo dft, como eval_ao, eval_rho.
En la versión reciente de Pyscf alpha 2, se agregó un script pyscf/tools/cubegen.py para generar el formato de archivo de cubo gaussiano. En mi caja de Linux, la densidad se ve bien en Jmol. Puede usarlo como ejemplo para generar otros formatos Jmol.
Solución 4:
Si no está buscando realmente aprender estos cálculos y solo necesita los gráficos de contorno, puede usar Arguslab.
Esto le dará gráficos ilustrativos de los orbitales, así como la densidad total de electrones. No serán muy precisos, pero serán rápidos.
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