Este grupo de trabajo ha estado mucho tiempo investigando la resolución a tus búsquedas, te compartimos la soluciones y nuestro deseo es servirte de gran apoyo.
Solución:
QuteMol
Visión general
QuteMol produce algunas de las visualizaciones moleculares más hermosas que jamás haya visto. El software es FLOSS y está disponible en los repositorios oficiales.
Descripción
QuteMol es un sistema de visualización molecular interactivo de alta calidad de código abierto (GPL). QuteMol explota las capacidades actuales de la GPU a través de sombreadores OpenGL para ofrecer una array de efectos visuales innovadores. Las técnicas de visualización de QuteMol tienen como objetivo mejorar la claridad y una comprensión más fácil de la forma y estructura 3D de moléculas grandes o proteínas complejas.
Oclusión ambiental en tiempo real
Mejora de silueta consciente de profundidad
Modos de visualización de bolas y palos, relleno de espacio y regaliz
Instantáneas suavizadas de alta resolución para crear representaciones con calidad de publicación
Generación automática de gifs animados de moléculas giratorias para animaciones de páginas web
Representación en tiempo real de proteínas y moléculas grandes (> 100k átomos)
Entrada PDB estándar
Soporte como complemento del NanoEngineer-1 el programa de modelado y simulación para nanocompuestos (¡nuevo!)
QuteMol fue desarrollado por Marco Tarini y Paolo Cignoni del Laboratorio de Computación Visual en ISTI – CNR.
Captura de pantalla
Instalación
QuteMol está disponible en el Centro de software de Ubuntu:
(fuente: ubuntu.com)
Si prefiere la CLI, puede instalar QuteMol con:
sudo apt-get install qutemol
Nota: La compilación de Ubuntu parece tener varios errores. Algunos elementos menores de la interfaz de usuario no funcionan correctamente y, en ocasiones, el renderizado producirá estructuras dismorfiadas. El último punto parece ocurrir principalmente cuando se trabaja con moléculas pequeñas. Todos estos problemas se pueden solucionar ejecutando QuteMol en WINE o PlayOnLinux.
Traté de construir QuteMol desde la fuente para ver si los problemas están restringidos a la versión en los repositorios, pero resultó ser una tarea ridículamente difícil y no funcionó del todo.
Uso
Uso básico
QuteMol es muy fácil de usar. Abra un archivo PDB de su elección, ajuste la vista y presione el botón exportar:
Asegúrate de elegir el formato GIF:
Seleccione el modo de renderizado de su elección. Puede establecer el recuento de FPS ajustando el tiempo de rotación de la animación y el número de fotogramas:
Modos de renderizado
Modo de rotación completa:
Modo de inspección:
Modo de seis lados:
Metadona (como se muestra en la pregunta):
(La configuración de orientación y sombreado varía un poco, pero se podría hacer que parezca idéntica con algunos ajustes aquí y allá)
Encontrar datos estructurales
Bases de datos PDB
QuteMol toma estándar .pdb archivos como entrada. Este formato se usa más comúnmente para proteínas y otros macro-moléculas, pero también se pueden utilizar con moléculas pequeñas. Puede encontrar una gran selección de macro-molecular .pdb archivos en el Protein Data Bank.
Bibliotecas estructurales igualmente ricas para moléculas pequeñas que vienen con .pdb Las descargas son difíciles de encontrar, pero puedes probar suerte en una de estas:
-
https://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/pdbechem/
-
http://xray.bmc.uu.se/hicup/
-
http://ligand-depot.rutgers.edu/ld-search.html
Otras bases de datos que podrían o no ofrecer archivos PDB se pueden encontrar aquí.
Solo para comenzar, he subido el archivo PDB que usé para la metadona aquí. Este podría funcionar mejor en la versión WINE / PoL.
Otras formas de obtener archivos PDB
También puedes lograr .pdb archivos convirtiéndolos de otros formatos más ubicuos como MDF .mol archivos. Puedes hacerlo con babel, una poderosa herramienta de línea de comandos que convierte entre una multitud de diferentes formatos estructurales químicos. Instalarlo con
sudo apt-get install babel
babel es muy sencillo de usar. Simplemente especifique la entrada del archivo y la salida deseada y deje que haga su magia:
babel methadone.mol methadone.pdb
O si desea que babel agregue hidrógenos implícitos:
babel -h methadone.mol methadone.pdb
También puede cambiar el estado de protonación definiendo el pH:
babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb
Solo asegúrese de usar archivos con información estructural tridimensional; de lo contrario, su .pdb la salida será absurda.
Las buenas fuentes para archivos 3D MOL / SDF son Pubchem y ZINC. Asegúrese de elegir la opción 3D SDF al descargar archivos:
Opciones de exportación adicionales
Los GIF están bien para la publicación en la web, pero debido a su tamaño y otros problemas, pueden ser una tarea ardua cuando se usan en presentaciones. Para este caso de uso particular, he escrito un script de Nautilus que convierte rápidamente archivos GIF en videos MPEG4:
#!/bin/bash
# NAME gif2mp4 0.1
# AUTHOR Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate)
# LICENSE GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html)
# DESCRIPTION Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files.
# DEPENDENCIES zenity,imagemagick,avconv
TMPDIR=$(mktemp -d)
FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.")
VIDDIR=$(dirname $1)
if [ -z "$FPS" ]
then
exit
fi
notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..."
convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png
avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4"
notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted"
rm -rf $TMPDIR
Muestra de salida: https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g
Las instrucciones de instalación se pueden encontrar aquí: ¿Cómo puedo instalar un script de Nautilus?
PyMOL
Visión general
QuteMol es un pequeño programa fantástico pero bastante restringido en términos de modos de renderizado y manipulación de imágenes. Para un manejo más avanzado de la visualización compuesta, es posible que desee consultar PyMOL. Puede encontrar un tutorial sobre cómo crear animaciones simples aquí. Habría escrito un tutorial aquí, pero no soy lo suficientemente competente con PyMOL para hacerlo.
Sin embargo, una última cosa. Si desea lograr una fidelidad gráfica similar con PyMOL como con QuteMol, debe consultar estas entradas de blog:
http://cupnet.net/ambient-occlusion-pymol/
http://lightnir.blogspot.de/2008/09/cute-molecules.html
Captura de pantalla
Espero que haya encontrado útil esta pequeña descripción general de las opciones de representación. Si hay algún error en esta publicación, no dude en editarlo.
Recomendaría mirar los paquetes de UbuntuScience para comenzar.
Hay bastantes paquetes de software programáticos, así como de visualización, que ya están disponibles en los repositorios principales.
Como ejemplo, echemos un vistazo a gdis, en la sección Química de la página de UbuntuScience.
Esta pieza de software en particular es una “Un programa de visualización molecular que admite el renderizado OpenGL y POVRay”.
Instalar gdis, ejecute los siguientes comandos desde su terminal (ctrl + alt + T):
sudo apt-get install gdis
Para instalar este paquete, también necesitará instalar las siguientes dependencias:
gdis-data
openbabel
Una vez que esté instalado, abra el programa desde su menú.
En mi caso, al ejecutar Xfce, iría al Menú de aplicaciones -> Educación -> Modelador de datos GDIS. O, alternativamente, puede abrir la terminal (ctrl + alt + T) y escribir gdis.
Una vez que abra la aplicación, vaya a Archivo -> Abrir.
- Desde allí, navega hasta
/usr/share/gdis/modelspara abrir un archivo de muestra:
– Para este ejemplo, abra el archivo /usr/share/gdis/models/arag.gin:
Para ejecutar una animación rotacional de la molécula:
- Seleccione el icono de registro en la barra de herramientas:
- Haga clic derecho en la molécula y arrastre el mouse durante varios segundos
- Regrese al menú – Seleccione Herramientas -> Visualización -> Animación – Ahora, seleccione el botón Reproducir para reproducir su manipulación de la molécula:
Para un recorrido básico de GDIS, eche un vistazo a sus tutoriales.
Molgif
También puedes usar molgif. Es una herramienta de línea de comandos para producir animaciones Gif de moléculas a partir de archivos xyz.
molgif caffeine.xyz
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