Pandas groupby para valores cero

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Solución:

Puedes usar esto:

df = df.groupby(['Symbol','Year']).count().unstack(fill_value=0).stack()
print (df)

Producción:

             Action
Symbol Year        
AAPL   2001       2
       2002       0
BAC    2001       0
       2002       2

Puedes usar pivot_table con unstack:

print df.pivot_table(index='Symbol', 
                     columns='Year', 
                     values='Action',
                     fill_value=0, 
                     aggfunc='count').unstack()

Year  Symbol
2001  AAPL      2
      BAC       0
2002  AAPL      0
      BAC       2
dtype: int64

Si necesita una salida como DataFrame usar to_frame:

print df.pivot_table(index='Symbol', 
                     columns='Year', 
                     values='Action',
                     fill_value=0, 
                     aggfunc='count').unstack()
                                     .to_frame()
                                     .rename(columns=0:'Action')

             Action
Year Symbol        
2001 AAPL         2
     BAC          0
2002 AAPL         0
     BAC          2

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