Puede que se de el caso de que encuentres algún fallo con tu código o proyecto, recuerda probar siempre en un ambiente de testing antes subir el código al proyecto final.
Solución:
System.Data.SQLite.dll es un mixed ensamblador, es decir, contiene código administrado y código nativo. Por lo tanto un particular System.Data.SQLite.dll es x86 o x64, pero nunca ambos.
Actualizar (cortesía de J. Pablo Fernández): Cassini, el servidor web de desarrollo utilizado por Visual Studio cuando presiona F5 o hace clic en el botón verde «reproducir», es solo x86, lo que significa que incluso si su estación de trabajo es x64, solo podrá usar la versión x86 de System. Datos.SQLite.dll.
Una alternativa es no usar Cassini sino IIS7 que es propiamente x64.
Asegúrese de que “Habilitar aplicaciones de 32 bits” esté configurado en false para el grupo de aplicaciones.
Ve a la IIS7 Application Pool -> advanced settings and set the 32-bit application to true.
Si haces scroll puedes encontrar las críticas de otros gestores de proyectos, tú también tienes el poder insertar el tuyo si lo crees conveniente.