Solución:
Solución 1:
En mi caso tuve que agregar todos mis cambios al directorio /etc/mysql/mysql.conf.d/ porque se carga en último lugar. Entonces agregué un archivo zz_myconfig.cnf a ese directorio con todos mis cambios. Al revés de la configuración de /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf sobrescribiría mi configuración nuevamente, lo cual es desafortunado.
Si el directorio /etc/mysql/conf.d es el camino oficial a seguir, entonces también debería ser el último directorio de inclusión dentro /etc/mysql/my.cnf.
Solucion 2:
Ambas son opciones globales. En este caso,
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/
es un SYSCONFDIR generado por ubuntu cuando Mysql estaba compilando para el paquete en la opción CMAKE.
Más información https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/option-files.html