Solución:
Acabo de descubrir que la fuente se crea con la misma identificación que en la capa, así que:
map.removeSource('route')
Funcionó perfectamente para eliminar por completo tanto la capa como la fuente.
Primero debe eliminar la capa y luego eliminar su fuente.
map.removeLayer(id);
map.removeSource(id);
en tu caso id = 'route'
.
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