Solución:
Sé que esto es viejo y todo eso (y no estoy exactamente seguro de si es una pregunta), pero después de buscar, tuve éxito con este comando para --onefile:
pyinstaller.exe --onefile --windowed --icon=app.ico app.py
Google me llevó a esta página mientras buscaba una respuesta sobre cómo configurar un ícono para mi .exe, así que tal vez ayude a alguien más.
La información aquí se encontró en este sitio: https://mborgerson.com/creating-an-executable-from-a-python-script
Creo que esto podría tener algo que ver con el almacenamiento en caché (posiblemente en el Explorador de Windows). También aparecía el antiguo ícono de PyInstaller en algunos lugares, pero cuando copié el exe en otro lugar, todos los íconos antiguos habían desaparecido.
El siguiente comando puede establecer el icono en un archivo ejecutable.
Recuerde que el archivo “.ico” debe estar en el lugar de la ruta dada en “Path_of_.ico_file”.
pyinstaller.exe --onefile --windowed --icon="Path_of_.ico_file" app.py
Por ejemplo:
Si el app.py El archivo está presente en el directorio actual y app.ico está presente dentro del Images folder dentro del directorio actual.
Entonces el comando debería ser el siguiente. El archivo ejecutable final se generará dentro del dist folder
pyinstaller.exe --onefile --windowed --icon=Imagesapp.ico app.py