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Solución:
Suponiendo que sabe que algo está seleccionado, puede hacer
TablePosition pos = table.getSelectionModel().getSelectedCells().get(0);
int row = pos.getRow();
// Item here is the table view type:
Item item = table.getItems().get(row);
TableColumn col = pos.getTableColumn();
// this gives the value in the selected cell:
String data = (String) col.getCellObservableValue(item).getValue();
Suponiendo que no haya seleccionado ninguna fila pero sepa dónde y qué quiere…
// Item here is the table view type:
Unpaid item = userTable.getItems().get(0);
TableColumn col = userTable.getColumns().get(3);
// this gives the value in the selected cell:
String data = (String) col.getCellObservableValue(item).getValue();
JOptionPane.showMessageDialog(null, data);
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