Posterior a consultar con expertos en esta materia, programadores de deferentes áreas y profesores dimos con la solución al problema y la dejamos plasmada en esta publicación.
Solución:
Hay un problema, que prometen solucionar en 3.2. Hasta entonces, probablemente tenga que volver a Android Studio 3.0 si no desea desactivar la ejecución instantánea. Por qué no quieren lanzar una revisión para esto, no lo sé. Parece ser un error bastante importante.
Ver:
Sugiero votar por el problema, tal vez esto los motive a publicar la solución antes.
Tal como dijo @Malcolm, este es un problema de Android Studio 3.1.
Si no desea revertir Android Studio 3.1 a 3.0, puede deshabilite la ejecución instantánea.
Si no desea revertir Android Studio 3.1 a 3.0 y necesita Instant Run, puede editar construir.gradle y gradle-wrapper.propiedades como abajo:
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com.android.tools.build:gradle:3.1.0
-> com.android.tools.build:gradle:3.0.1
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distribuciónUrl=https://services.gradle.org/distributions/gradle-4.4-all.zip
-> distribuciónUrl=https://services.gradle.org/distributions/gradle-4.1-all.zip
Deshabilitar Instant Run funcionó para mí