Solución:
QGIS, distribuido por OSGeo4W, generalmente viene con su propia instalación de Python y sus propios paquetes que son independientes de su instalación “regular” de Python.
La forma más sencilla de instalar un paquete de Python en la distribución OSGeo4W es abrir el Shell OSGeo4W y usa pip desde allí. Esto instalará el paquete en la distribución de Python que usa QGIS, en mi caso ubicado en C:OSGeo4W64appsPython27 y los módulos en consecuencia en C:OSGeo4W64appsPython27Libsite-packages. También puede hacer un pip list dentro de Shell OSGeo4W y tu habitual Shell de Windows (cmd.exe) y compare los resultados para ver qué paquetes puede faltar.
Si no desea instalar paquetes en dos instalaciones de Python, también puede intentar cambiar PythonPath para incluir paquetes de una instalación a la otra.
editar: esta respuesta está dirigida a la pregunta original sobre pepita para instalar módulos que se utilizarán con QGIS en Windows. Desde entonces, OP ha editado / refinado la pregunta, por lo que esta respuesta ahora es un poco amplia.
Numpy está instalado por defecto en QGIS (versión independiente, versión OSGeo4W). Para rasterio, hay muchos problemas. Sé que rasterio es poderoso y fácil de usar (lo uso), pero ¿por qué rasterio en un complemento de QGIS mientras tienes todas las funciones de PyQGIS? (fue diseñado para el shell de Python o para scripts, no para ser usado con QGIS / PyQGIS, como Fiona para los shapefiles)
En Linux o Mac OS X (sistemas Unix), QGIS usa la instalación estándar de Python (independiente de QGIS) y si es fácil de instalar o actualizar un módulo de Python (también hay muchos compiladores instalados por defecto)
En Windows, Python no se instala de forma predeterminada y QGIS instala su propia versión. Para instalar módulos de Python puros (sin bibliotecas de C, C ++) tiene soluciones (QGIS Standalone y los módulos de Python, instalación de las herramientas de configuración de Python en OSGeo4W Python o instalación de PySAL para OSGeo4W)
Pero para los módulos que deben compilarse (sin compilador por defecto), no es fácil. Puede intentar copiar / pegar su módulo instalado en la carpeta_sitio de QGIS Python, pero hay problemas.
Rasterio debe compilarse con una biblioteca GDAL instalada y si lo instala desde Christoph Gohlke Binarios no oficiales de Windows para paquetes de extensión de Python, por ejemplo, no estoy seguro de que la versión de GDAL utilizada por QGIS sea la misma (para las referencias al bibliotecas dll)
Si usa exclusivamente numpy y rasterio, ¿por qué no un script independiente?
La forma simple que encontré para instalar bibliotecas para Python en QGIS es
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Abra OSGeo4W Shell como administrador
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Escriba py3_env en la consola (esto debería imprimir las rutas de su instalación de QGIS Python)
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Escriba python -m pip install {su biblioteca}
y está hecho.