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Solución:
Puede utilizar el programa gnome-session-properties. Simplemente ejecútelo desde el indicador de shell (gnome-terminal):
$ gnome-session-properties
Esto abrirá una GUI donde puede configurar (es decir, agregar, editar, eliminar, habilitar y deshabilitar) programas de inicio.
Bonito y fácil. Disfrutar.
Actualización: como lo señaló don_crissti (gracias) en los comentarios a continuación, la funcionalidad de los programas de inicio de gnome-session-properties ha migrado a gnome-tweak-tool desde Gnome 3.12 (que por cierto es una gran herramienta, pero un poco más complicada ya que concentra demasiadas funciones). Entonces, para las versiones 3.12 y superiores, este es el nuevo lugar para buscar.
OBS: Y por cierto, usando este método, no necesitas crear un .desktop archivo, simplemente puede especificar la línea de comando del /home/neko/bin/auto_stuff.sh script que creó (o cualquier otro script o comando que desee).
En .desktop archivos el caso es significativo. La siguiente plantilla funciona bajo Fedora 27 con GNOME shell (es decir, el Exec= el valor se ejecuta durante el inicio de la sesión):
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Exec=/path/to/myscript arg1
Name=myscript
Comment=script some stuff
Terminal=false
OnlyShowIn=GNOME
Type=Application
StartupNotify=false
X-GNOME-Autostart-enabled=true
(para ser almacenado como $HOME/.config/autostart/myscript.desktop)
La principal diferencia: usaste el key X-Gnome-Autostart= en tu ejemplo
Vuelva a verificar si su script /path/to/myscript es ejecutable, es decir si tiene la eXconjunto de bits de permisos ejecutables.
los OnlyShowIn= quizás no sea significativo para la funcionalidad de inicio automático, pero no lo he probado sin él. Puede enumerar varios entornos de escritorio como este: OnlyShowIn=GNOME;LXDE;Unity; Consultar el XDG_CURRENT_DESKTOP variable de entorno para verificar los valores correctos.
Si desea verificar si su script imprime algún mensaje de error, puede verificar journalctl --useres decir, el diario de la sesión.