Solución:
Si le gusta XSLT, hay un buen script de combinación que he usado antes en: la página XSLT de Oliver
Sé que este es un hilo antiguo, pero Project: Merge puede hacer esto por ti. Puede fusionar dos archivos XML juntos, y se puede ejecutar desde la línea de comando, por lo que puede agrupar todo, ejecutarlo y simplemente resolver cualquier conflicto (como el valor de atributo cambiante de ‘clave’ en su ejemplo anterior) manualmente con unos pocos clics. (Puede indicarle que se ejecute en silencio siempre que no haya conflictos).
Puede realizar comparaciones bidireccionales y tridireccionales de archivos XML y fusiones bidireccionales y tridireccionales. (Donde una operación de tres vías asume que los dos archivos que se comparan / fusionan tienen un ancestro común).
Compruebe XmlCombiner, que es una biblioteca de Java que implementa la combinación de XML exactamente de esta manera. Se basa libremente en una funcionalidad similar ofrecida por la biblioteca plexus-utils.
La convención predeterminada de XmlCombiner es sobrescribir los atributos y elementos superpuestos. Pero el comportamiento de fusión exacto se puede modificar utilizando los atributos especiales ‘combine.self’ y ‘combine.children’.
Uso:
import org.atteo.xmlcombiner.XmlCombiner;
// create combiner
XmlCombiner combiner = new XmlCombiner();
// combine files
combiner.combine(firstFile);
combiner.combine(secondFile);
// store the result
combiner.buildDocument(resultFile);
Descargo de responsabilidad: soy el autor.