Después de mucho trabajar pudimos dar con el resultado de este contratiempo que ciertos los lectores de este sitio web han tenido. Si quieres compartir algo más puedes dejar tu información.
Solución:
En PyCharm 4.5.4 hay un comando llamado “Guardar documento”. Guarda sólo el archivo actual.
Vaya a Preferencias > Mapa de teclas
Busque “Guardar todo” en el cuadro de búsqueda de la derecha. Busque el comando “Guardar todo”, haga clic derecho sobre él, elimine Cmd-S y agregue Cmd-Shift-S. Puede advertirle que esto eliminará Cmd-Shift-S de otro comando; haga clic en “Eliminar”.
Busque “Guardar documento”. Haga clic derecho sobre él y agregue el acceso directo Cmd-S.
En Windows, use Ctrl-S en lugar de Cmd-S.
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