Solución:
Los archivos Jpeg pueden contener datos Exif, que pueden incluir una miniatura. Teóricamente, parece que sería posible almacenar más de uno, pero no conozco ningún programa que lo haga, ni ningún programa que lo lea.
Lo que probablemente haya sucedido en su caso es que el programa que utilizó para recortar la imagen modificó solo la imagen principal, sin modificar la miniatura incrustada.
exiftool se puede utilizar para leer o reemplazar datos Exif, incluida la miniatura. Como se muestra en la documentación, exiftool -b -ThumbnailImage image.jpg > thumbnail.jpg se puede utilizar para extraer la miniatura de un jpeg, exiftool '-ThumbnailImage<=thumb.jpg' dst.jpg para reemplazarlo. Si desea eliminar por completo la miniatura incrustada, puede usar exiftool -ThumbnailImage= dst.jpg.
Tenga en cuenta que los datos exif pueden contener mucho más que una miniatura, ya que exiftool -a -u -g1 a.jpg te mostrará.