Este dilema se puede tratar de diversas formas, sin embargo te enseñamos la que para nosotros es la respuesta más completa.
Ejemplo 1: Python datetime milisegundos
from datetime import datetime
print(datetime.utcnow().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S.%f')[:-3])
Ejemplo 2: Python datetime milisegundos
from datetime import datetime
dt_obj = datetime.strptime('20.12.2016 09:38:42,76','%d.%m.%Y %H:%M:%S,%f')
millisec = dt_obj.timestamp()*1000print(millisec)
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