Solución:
$tids = Drupal::entityQuery('taxonomy_term')
->condition('vid', 'mycustomvocab')
->execute();
$controller = Drupal::entityTypeManager()->getStorage('taxonomy_term');
$entities = $controller->loadMultiple($tids);
$controller->delete($entities);
Solo notando otro enfoque para eliminar el término de taxonomía individualmente, útil para algunos casos:
// Example to load and delete a taxonomy term
$tid = 12;
if ($term = DrupaltaxonomyEntityTerm::load($tid)) {
// Delete the term itself
$term->delete();
}
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