Solución:
La principal diferencia es que todo el juego se invierte horizontalmente. En la versión de Game Cube, Link es zurdo (como lo era en todos los juegos anteriores). En la versión de Wii, es diestro. Para evitar volver a hacer todos los gráficos en el juego, simplemente voltearon todo el juego: Lake Hylia está en la esquina sureste en lugar de la esquina suroeste, si hay un camino a la izquierda en la versión de Game Cube, está a la derecha de la Wii, etc.
Recuerdo que Nintendo declaró que esto tenía algo que ver con los jugadores que usaban el Wiimote en su mano derecha, y la interacción con el juego era extraña si Link era zurdo, pero no estoy seguro de eso.
La versión de Wii no tiene modo de cámara gratuito; en la versión GC puedes usar el C-stick para mover tu cámara mientras corres y demás.
También encuentro que solo mantener presionada B para lanzar un ataque de giro es mucho más confiable que usar el combo nunchuk / Wiimote.