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Solución:
Descubrí que guardar como PDF desde Word hará esto… es decir, los hipervínculos internos se migran al PDF. Sin embargo, Excel y Powerpoint no parecen hacerlo.
De acuerdo con la respuesta que votaré, Excel exportará hipervínculos externos, no internos.
Los hipervínculos de PDF deben definirse/crearse con la herramienta de creación de PDF. Excel no sabe nada sobre archivos PDF, por lo que sus hipervínculos no significan necesariamente nada en formato PDF, a menos que su herramienta de creación pueda leer los enlaces de Excel y traducirlos al PDF que crea. Parece que pdfFactory no hace esto por sí solo. Quizás pdfFactory Pro le otorgaría el conjunto de características necesarias para lograr esto.
Adobe Acrobat es la aplicación que funciona con el formato PDF de forma más nativa y definitivamente puede hacer esto, pero es costoso. Puede haber un software alternativo de terceros que también pueda hacer enlaces; es posible que pueda tomar su PDF sin enlaces y usar algún software como ese para agregarlo más tarde.
Esta lista de software PDF puede ser útil.
Exploré todas estas opciones y luego recordé que LibreOffice (el antiguo OpenOffice) era muy bueno en este tipo de cosas. Si coloca su Excel .xlsx, enlaces internos existentes a rangos con nombre y todo, en LibreOffice Calc, puede usar el ‘Archivo/Exportar como PDF’ de LibreOffice y obtendrá un PDF enlazado internamente perfecto. Por supuesto, no todas las opciones de formato y fórmulas de .xlsx son compatibles con LibreOffice.