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Solución:
En versiones anteriores de Windows, podía poner cualquier consola en pantalla completa con Alt-Enter (si recuerdo correctamente).
Con la introducción del Desktop Window Manager y la composición de pantalla completa a través de la GPU en Vista, se eliminó esa función de ventana de consola de pantalla completa.
(Al actualizar el controlador de gráficos, el subsistema de gráficos se reinicia, lo que ve no es una ventana de consola, sino el inicio predeterminado de la tarjeta gráfica en modo de texto).
Windows 7 no admite aplicaciones de consola de pantalla completa. En XP puedes usar SetConsoleDisplayMode, necesitarás P/Invoke para esto, pero es relativamente simple. Sé que en win 7 x64 esta función fallará con el error 120 This function is not spported on this system
Para obtener el identificador de la consola, puede usar parte del código de esta respuesta.