Estate atento ya que en esta noticia vas a encontrar el arreglo que buscas.
Solución:
(Mantenedor de Spyder aquí) Puede activar la compatibilidad con pep8 en Spyder 3 yendo a
Tools > Preferences > Editor > Code Introspection/Analysis
y activando la opción llamada
Real-time code style analysis
Esto mostrará las advertencias de pep8 directamente en nuestro Editor, por lo que no necesita ejecutar pep8 desde la línea de comandos para verlos.
Enmienda a la respuesta de Carlos: en Spyder 4 esta opción se ha movido a
Tools > Preferences > Completion and linting > Code style
donde tienes que aceptar
Enable code style linting
Para su información, en esta nueva versión, se pueden seleccionar errores o advertencias específicos para que se muestren o se ignoren.
Si posees algún reparo o disposición de perfeccionar nuestro sección te recordamos dejar una aclaración y con placer lo leeremos.