¿Cómo puedo leer el encabezado pero también saltar líneas – read.table ()?

Solución:

Me temo que no hay una forma directa de lograrlo. O lee toda la tabla y luego elimina las líneas que no desea o lee la tabla dos veces y asigna el encabezado más tarde:

header <- read.table('data.txt', nrows = 1, header = FALSE, sep =';', stringsAsFactors = FALSE)
dat    <- read.table('data.txt', skip = 2, header = FALSE, sep =';')
colnames( dat ) <- unlist(header)

Estás usando saltar de forma incorrecta. Prueba esto:

dat <- read.table('data.txt', nrows = 2, header =TRUE, sep =';')[-1, ]

La solución usando fread de data.table.

require(data.table)
fread("Data.txt", drop = "V3")[-1]

Resultado:

> fread("Data.txt", drop = "V3")[-1]
   Index Time
1:     2 1423
2:     3 5123

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