Emiliano, parte de este staff, nos ha hecho el favor de crear esta crónica ya que domina muy bien este tema.
Solución:
A partir del 8/5/18, y si está utilizando la última versión de github desktop o github desktop beta, los cambios descartados no confirmados ahora se copian como archivos nuevos y se colocan en su papelera/papelera de reciclaje.
Así es como se ve el aviso actual:
Puede encontrar esos archivos descartados en la papelera de reciclaje.
Menús de GitHub Desktop -> Repositorio / Restaurar cambios descartados
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