¿Cómo leer hasta el final del archivo (EOF) usando BufferedReader en Java?

Recabamos en distintos espacios para de este modo tenerte la respuesta a tu inquietud, si tienes alguna inquietud puedes dejar tu pregunta y contestamos sin falta, porque estamos para ayudarte.

Solución:

Estás consumiendo una línea en, que se descarta

while((str=input.readLine())!=null && str.length()!=0)

y leyendo un bigint en

BigInteger n = new BigInteger(input.readLine());

así que intenta obtener el bigint de string que se lee como

BigInteger n = new BigInteger(str);

   Constructor used: BigInteger(String val)

también cambio while((str=input.readLine())!=null && str.length()!=0) a

while((str=input.readLine())!=null)

ver publicación relacionada string a bigint

readLine()
Returns:
    A String containing the contents of the line, not including any line-termination characters, or null if the end of the stream has been reached 

ver documentos java

Con archivos de texto, tal vez el EOF sea -1 cuando se usa BufferReader.read(), carácter por carácter. Hice una prueba con BufferReader.readLine()!=null y funcionó correctamente.

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