Cómo leer el archivo vcf en R

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Solución:

Tal vez esto podría ser bueno para usted:

# read two times the vcf file, first for the columns names, second for the data
tmp_vcf<-readLines("test.vcf")
tmp_vcf_data<-read.table("test.vcf", stringsAsFactors = FALSE)

# filter for the columns names
tmp_vcf<-tmp_vcf[-(grep("#CHROM",tmp_vcf)+1):-(length(tmp_vcf))]
vcf_names<-unlist(strsplit(tmp_vcf[length(tmp_vcf)],"t"))
names(tmp_vcf_data)<-vcf_names

pd: si tiene varios archivos vcf, debe usar la función lapply.

mejor, roberto

data.table::fread lo lee según lo previsto, ver ejemplo:

library(data.table)

#try this example vcf from GitHub
vcf <- fread("https://raw.githubusercontent.com/vcflib/vcflib/master/samples/sample.vcf")

#or if the file is local:
vcf <- fread("path/to/my/vcf/sample.vcf")

También podemos usar el paquete vcfR, ver los manuales en el enlace.

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