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Solución:
Las columnas numéricas no tienen ,por lo que no es necesario convertir a cadenas, solo use DataFrame.replace con regex=True para el reemplazo de subcadenas:
df = df.replace(',','', regex=True)
O:
df.replace(',','', regex=True, inplace=True)
Y por último convertir columnas de cadenas a numéricas, gracias @anki_91:
c = df.select_dtypes(object).columns
df[c] = df[c].apply(pd.to_numeric,errors='coerce')
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