Solución:
Actualmente utilizo los complementos language-babel, react y autoclose-html para manejar esto sin problemas.
https://atom.io/packages/autoclose-html
https://atom.io/packages/language-babel
https://atom.io/packages/react
¡Espero que esto ayude!
Atom beautify no admitía jsx en ese momento. lo hace ahora 🙂
Ya me enfrenté al mismo problema y terminé usando más bonito-átomo. Funciona muy bien con etiquetas HTML.
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