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cómo comparar dos tablas en sql en diferentes bases de datos ejemplo de código

Esta es la contestación más completa que encomtrarás dar, pero mírala detenidamente y analiza si es compatible a tu trabajo.

Ejemplo 1: tablas de comparación de sql para diferencias

-- Find the different tables and columns between DB_NBR_1 and DB_NBR_2-- (just replace DB_NBR_1 and DB_NBR_2)select isnull(db1.table_name, db2.table_name)as[table],
       isnull(db1.column_name, db2.column_name)as[column],
       db1.column_name as scripts_col_name
      ,db1.column_type as scripts_col_type
       ,db1.column_precision as scripts_col_precision

      ,db2.column_name as liquid_col_name
      ,db2.column_type as liquid_col_type
      ,db2.column_precision as liquid_col_precision
from(select schema_name(tab.schema_id)+'.'+ tab.name as table_name, 
       col.name as column_name
      ,y.name as column_type
      ,y.precisionas column_precision
   from[DB_NBR_1].sys.tablesas tab
        innerjoin[DB_NBR_1].sys.columnsas col
            on tab.object_id = col.object_id
         JOIN sys.types y ON y.user_type_id = col.user_type_id
         ) db1
fullouterjoin(select schema_name(tab.schema_id)+'.'+ tab.name as table_name, 
       col.name as column_name
      ,y.name as column_type
      ,y.precisionas column_precision
   from[DB_NBR_2].sys.tablesas tab
        innerjoin[DB_NBR_2].sys.columnsas col
            on tab.object_id = col.object_id
         JOIN sys.types y ON y.user_type_id = col.user_type_id
         ) db2
on db1.table_name = db2.table_name
and db1.column_name = db2.column_name
where(db1.column_name isnullor db2.column_name isnull)orderby1,2,3

Ejemplo 2: SQL compara datos de dos tablas

select*from tableA
minus
select*from tableB

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