Solución:
Según http://www.mathworks.de/matlabcentral/newsreader/view_thread/238995
feature('DefaultCharacterSet', 'UTF8')
cambiará la codificación a UTF-8. Puede poner la línea de arriba en su archivo startup.m.
Cómo el proceso de MATLAB usa la configuración regional muestra cómo configurar la codificación para diferentes plataformas. Usar
feature('DefaultCharacterSet')
Puede leer más sobre esta función indocumentada aquí. Vea también este hilo de Matlab Central para otras opciones.
¡Solo Mac OSX!
Cuando encontré una solución que funcionó en mi caso, quiero compartirla.
Mathworks aconseja aquí utilizar slCharacterEncoding(encoding) para cambiar la codificación como se desee, pero para OSX esto no resuelve el problema exactamente como el feature('DefaultCharacterSet') en respuesta aceptada no lo hace. Lo que me ayudó a obtener el conjunto de codificación UTF-8 para abrir y guardar archivos .m fue el siguiente enlace en las respuestas de MATLAB: https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/12422-macosx-encoding-problem
Matlab parece ignorar cualquier valor establecido en slCharacterEncoding(encoding) o feature('DefaultCharacterSet') pero usa la región establecida en Preferencias del sistema -> Idioma y región. Después de verificar qué región está seleccionada en nuestro caso, es posible definir la codificación real en el archivo de configuración oculto en
$matlabroot/bin/lcdata.xml
Este directorio se puede abrir accediendo a Aplicaciones y luego de hacer clic derecho en Matlab seleccionando Mostrar contenido del paquete como en la captura de pantalla (aquí en alemán)
Por ejemplo, para el estándar alemán ISO-8859-1, es posible ajustarlo cambiando la línea respectiva en el archivo lcdata.xml:
<locale name="de_DE" encoding="ISO-8859-1" xpg_name="de_DE.ISO8859-1">
para:
<locale name="de_DE" encoding="UTF-8" xpg_name="de_DE.UTF-8">
Si la región seleccionada no está presente en el archivo lcdata.xml, esto no funcionará.
¡Espero que esto ayude!