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Cálculo de valores p ajustados en Python

Si encuentras alguna parte que te causa duda puedes dejarnos un comentario y trataremos de ayudarte tan rápido como podamos.

Solución:

Está disponible en statsmodels.

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/stats.html#multiple-tests-and-multiple-comparison-procedures

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/generated/statsmodels.sandbox.stats.multicomp.multipletests.html

y algunas explicaciones, ejemplos y Monte Carlo http://jpktd.blogspot.com/2013/04/multiple-testing-p-value-corrections-in.html

Según el biostathandbook, el BH es fácil de calcular.

def fdr(p_vals):

    from scipy.stats import rankdata
    ranked_p_values = rankdata(p_vals)
    fdr = p_vals * len(p_vals) / ranked_p_values
    fdr[fdr > 1] = 1

    return fdr

Puedes probar el módulo rpy2 eso le permite importar funciones R (por cierto, una búsqueda básica devuelve Cómo implementar R’s p.adjust en Python).

Otra posibilidad es mirar las matemáticas y rehacerlas tú mismo, porque todavía es relativamente fácil.

Aparentemente hay una implementación en curso en scipy: http://statsmodels.sourceforge.net/ipdirective/_modules/scikits/statsmodels/sandbox/stats/multicomp.html. Tal vez ya sea utilizable.

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