Miguel, parte de este staff, nos hizo el favor de redactar esta sección porque controla perfectamente dicho tema.
Solución:
Creo que NTS, The .NET Topology Suite contiene código capaz de realizar operaciones de geometría en estructuras GIS. Es un puerto .NET de JTS.
puede probar SharpMap, o más específicamente, Net Topology Suite, que es el puerto .net de JTS (java topology suite).
También echa un vistazo a DotSpatial
http://dotspatial.codeplex.com/wikipage?title=IGeometry&referringTitle=NTSComparar
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