Solución:
Antes Excel 2016, Excel tenía la posibilidad de tener varios archivos de Excel en una sola ventana.
En Excel 2016, es una ventana por aplicación.
El problema con su código es que cierra una instancia. Basado en el hecho de cómo se abrieron los archivos de Excel, esto sería suficiente o no. Por ejemplo, si los archivos de Excel se abrieran en la misma instancia, esto sería suficiente.
Yo mismo soy un poco aficionado y me doy cuenta de que esto es un hilo un poco antiguo, pero me pregunto si guarda el libro de trabajo (como lo hace) pero también cierra el libro de trabajo y sale de Excel, puede borrar el administrador de tareas. Noto que guarda el libro de trabajo pero en realidad no cierra el libro de trabajo, por lo que permanece abierto. Me encontré con un problema similar antes y creo que esto finalmente lo solucionó.
Este es el código que uso cada vez que quiero salir de Excel. Por lo general, tengo 2 libros abiertos, uno es una plantilla (que no guardo) y el otro es uno que se creó con datos de la plantilla.
ActiveWorkbook.Close SaveChanges:=True
Application.Quit
ActiveWorkbook.Close SaveChanges:=False