Solución:
Para esa Mac, el puerto Thunderbolt es parte de la placa base (a la izquierda, tercero desde arriba): 
Entonces, a menos que pueda obtener las piezas, realizar un intercambio de paquete que claramente sea una soldadura de máquina y luego probar las cosas, la reparación más económica sería intercambiar toda la placa base. Siempre que no haya daños físicos en el interior, esta sería una reparación de tarifa plana ($ 280) para Apple y probablemente más barata que comprar una placa lógica usada. La reparación de tarifa plana solucionaría cualquier otro problema con la Mac. Pero, si está preparado para refluir esa parte y hacer una soldadura avanzada, hay muchas personas que pueden intentar esta reparación aunque no sea trivial.
Si bien estoy seguro de que ES posible simplemente reemplazar el puerto Thunderbolt, sería un procedimiento intensivo y especializado en mano de obra.
Entonces sí, este es un reemplazo de todo el procedimiento de la placa lógica.
Sin embargo, Apple SÍ ofrece un servicio de reparación de tarifa plana para Mac fuera de garantía. Hablan de ello un poco en su artículo de KB: Servicio de reparación de correo directo de AppleCare. Puede obtener un presupuesto gratuito de Apple para la reparación en https://support.apple.com/mac-notebooks/repair/service y probablemente estará en el rango de $ 300 para piezas, mano de obra y envío.
Básicamente ofrecen una reparación de tarifa plana. Suponiendo que su Mac está libre de daños (sin abolladuras importantes, daños por líquidos, etc.), lo enviarán por correo a su almacén de reparaciones donde se abordarán los problemas y se reemplazarán las piezas por una tarifa plana. La tarifa varía entre modelos / tamaños, pero es muy probable que sea menor que el costo de reemplazar la placa lógica por sí misma en una tienda Apple o AASP.
Si no le gusta la opción de servicio web, también puede arreglarlo llamando a AppleCare (1-800-APLCARE) o visitando Genius Bar en una tienda Apple o AASP. Puede encontrar tiendas Apple cercanas y AASP utilizando la práctica herramienta de localización de Apple, solo busque Servicio en su área.