Solución:
Poniendo esto aquí para la posteridad;)
Fondo:
Durante el tiempo que he estado usando Windows 2008 R2, no he podido cambiar las opciones de configuración de Message Queue Server (como límites de almacenamiento, ubicaciones de almacenamiento, seguridad, etc.) ni acceder a las colas del sistema (mensajes de diario, mensajes muertos mensajes de carta, mensajes transaccionales de letra muerta); todos los intentos de hacer cualquiera de estas cosas resultaron en un críptico error de “Acceso denegado”. Siempre que necesitaba instalar Message Queue Server en un servidor de nuestro entorno, utilizaba el Administrador del servidor para instalar la función Message Queue Server.
Solución(?):
Por un capricho, en lugar de instalar la función Message Queue Server, elijo agregar la función “Servidor de aplicaciones”. Al agregar esta función, se seleccionó e instaló automáticamente la función de Message Queue Server, aunque solo habilitó el servidor de Message Queue Server, no la integración de servicios de directorio y los activadores de Message Queue Server.
Ahora puedo volver a configurar los ajustes de Message Queue Server, así como acceder y realizar acciones en las colas del sistema.
Este blog también puede ser útil: http://blog.aggregatedintelligence.com/2012/03/msmqsecurity-descriptor-cannot-be-set.html
Básicamente, dice que para poder cambiar la configuración de una cola, su cuenta debe estar configurada como propietaria de la cola y explica cómo hacerlo.
Funcionó para mí.